Es conocido principalmente por sus novelas, en particular Cuando los guayacanes florecían (1954), que obtuvo un éxito inmediato y fue traducida a varios idiomas, como inglés, francés, ruso y alemán. Esta novela, ambientada durante la revuelta de los Conchistas a principios del siglo XX, denuncia eficazmente la corrupción y la opresión que sufría un sector de la sociedad, a la vez que constituye una obra literaria significativa. Más allá de su obra narrativa, Estupiñán Bass fue un poeta respetado, con colecciones como: Canto negro por la luz (1954), Timarán y Cuabú (1956) ,Las huellas digitales (1971)