Nació en Alajuela, cerca de la terminal del ferrocarril, en 1939. Es hijo de padres artesanos. Desde muy niño viajó por varios países. El primero fue Cuba a los once años, donde permaneció seis años. Los estudios realizados en Cuba no se los reconocieron, presentó exámenes por suficiencia e hizo el bachillerato en un colegio nocturno. Obtuvo el bachillerato en Química en la Universidad de Costa Rica. Realizó otros estudios en Holanda en la universidad de Lovaina, Bélgica y Harvard.

En Costa Rica se dedicó a trabajar en la política académica y llegó a ocupar el cargo de rector (1981). Es casado con varios hijos y nietos. Trabaja en la fundación Oscar Arias y vive en San Pedro de Montes de Oca.

Obra de Fernando Durán Ayanegui:
Dos reales y otros y otros cuentos (1961); El último que se duerma (1976); Salgamos al campo (1977); El benefactor y otros relatos (1981); Diga que me vio aquí (1981); Cuentos para Laura (1986); Retorno al Kilimanjaro (1988); Opus 13 para cimarrona (1989); El viaje de la familia Hueco (1988); Dos reales y el puntito curioso (1993); Hojas en el viento (1993); Las estirpes de Montánchez (1993); El fin de la historia (1993); Cuando los topos desaparecieron (1994); Billy come back. La poca ejemplar historia de Julio césar Pérez y el escuadrón de la muerte (1994); La joya manchada (1995); Tienes nombre de Arcángel (1998); Y yo jamás veré Marsella (2000) y El lugar común de la sonrisa (2000).